Vesnička Chrtníky byla založena v jednom z nejkrásnějších údolí regionu Východočeského kraje, než do této přírodní krásy zasáhla lidská ruka.

V prehistorii bylo na tomto místě křídové moře a vznikly zde podmínky pro vytvoření horniny zvané diabas, což je čedičová hornina nazelenalé barvy. Pochází ze starších prvohor – ordoviku. Protože je značně odolná proti otěru, vznikl tu v těsné blízkosti vesnice velký kamenolom, který se zakusuje do Kozího vrchu (Kozince). Po zaniklém křídovém moři se zde našly různé fosilie (viz foto ve fotogalerii) a zbytky kostí dávno vyhynulých zvířat. Ještě nedávno se zde našly zbytky žraločích zubů.

Na konci 14.století patřily Chrtníky k choltickému statku, který byl ale někdy v té době rozdělen na dvě poloviny. Polovinu, k níž náležely Chrtníky, prodal Jindřich z Chlumu a Košumberka řečený Lacembok 9.května 1397 Janovi z Lipky. V této listině o prodeji je také první písemná zmínka o Chrtnících, neboť majetek představoval "...polovinu tvrze v Cholticích, dvůr poplužní se dvěma rádly, dvory kmetcí s platy, v Chrtnících dvory kmetcí s platy a v Ledcích dva lány lesa s rybníkem horním"... Uvést všechno do pořádku měl s Janem z Lipky majitel druhé poloviny Choltic Václav Sekerka, který byl také na listině o prodeji uveden jako svědek.

Jan z Lipky se podepsal spolu s jinými okolními vladyky na stížném listu proti upálení mistra Jana Husa v Kostnici.

I když první písemná zmínka o Chrtnících je až z roku 1397, vesnice je mnohem starší. Název obce Chrtníky je upomínkou na středověk, na dobu hradištní (10.-12.století), kdy zde byli usazeni psáři. Panovník tehdy totiž vlastnil veškerou půdu a jeho moc se opírala i o vládu nad veškerým obyvatelstvem. Tak usazoval specializované řemeslníky jako například tesaře, koláře, rybáře či právě psáry v určitých vesnicích. Úkolem psárů bylo cvičit lovecké psy, ale kromě toho museli i hospodařit na polích, aby se uživili. V případě přítomnosti panovníka na hradišti museli lidé z okolí odvézt na hradiště povinné dávky a také se sem dodávali výrobky výše zmíněných specializovaných řemeslníků.

Původní obyvatelé této vesničky stavěli svá obydlí pod skalnatým svahem zvaným Dudek, kde byl a dosud je les zvaný Havraník, nyní už značně zmenšený dnešním kamenolomem. Protékal zde potok zvaný Zlatotok (dnes Struha), který se  na jaře často rozvodňoval a bral s sebou původní skromná obydlí. Potok byl osázen vrbami a potom olšemi a je tomu tak dodnes. Ve vesnici byla i cihelna s jednou pecí. Zůstaly zde dodnes jámy od kopání hlíny. Hlína v okolí Chrtníků je výborná např. na vymazání kachlových kamen. V malém lesíku zvaném Olšina bylo 6 studánek, pouze jedna se dala použít. Byla v ní voda s vysokým obsahem železa. Studánky už dnes neexistují, pouze tu jednu lze najít, ale voda v ní není.

V blízkosti kamenolomu byla panská pila a snad dávno předtím i mlýn. Za kamenolomem je místo, kde se říká V Dolech, kde byly hluboké jámy a snad i šachty. Bylo to místo nebezpečné, hlavně pro děti, pro které to bylo „zakázané ovoce". 

Podle pověstí se v Chrtníkách ve středověku rýžovalo zlato a od toho vzniklo jméno potoka Zlatotok. Dále zde byl tvrdý křemen, ze kterého se vyráběly středověké nástroje. Našlo se tu nádobí z období kolem roku 1500, kde podle geologů jsou svislé čáry vyryty pazourkem. Podle archeologů je prokázáno, že v místě dnešních Chrtníků bylo v mladším paleolitu (40 tisíc až 10 tisíc let před našim letopočtem) tábořiště lovců mamutů.